Asinejvětší nevýhodou DNA čipů je, že jsou nákladné vytvořit . Zatímco náklady jsou mírně poklesl , a je pravděpodobné, že i nadále klesat,současné náklady na tvorbu DNA čipů je stále velmi drahé , kolem 100 dolarů. Výsledkem je, že laboratoře jen dobře financované finance experimentovat s touto technologií .
Výrobní problémy
Další problém s DNA čipů je , že potíže produkce. To je způsobeno především tím, že většina DNA čipy mohou být provedeny pouze některými výrobci se správnou technologií . Výsledkem je, že je často obtížné , nebo trvá dlouhou dobu, než skutečné výzkumníci získat DNA čipy. Přestože výrobní techniky se zlepšila , je stále mnohem víc vývoj potřeba , aby byl proces efektivnější .
Dat Zkreslení
Jeden závažný problém , že mnoho výzkumníků čelí se potom analyzuje správně data . Vzhledem k tomu, že je ještě hodně práce je třeba udělat s DNA čipů , je to velmi snadné pro vědce k dezinterpretaci dat. Je to především proto, že tam je tolik dat na každém čipu , a to je často obtížné správně zpracovat všechno. V důsledku toho mohou nesprávné závěry snadno nastat , což někdy vede k zavádějícím výsledkům.
Etické dilema
Možnáméně uznávaná nevýhodou jeetické dilema zapletený s DNA čipů . I když jsou tyto čipy jsou určené zejména k pochopení a prevenci nemocí , tam jsou etické hranice , které jsou často překračovány. Například by mohlo DNA čipy pomáhají vytvářet prosté nákazy člověka a potenciálně rozšířit přirozenou životnost. Na druhé straně,světová populace by mohla být výrazně posílena , což by mohlo vést k přelidnění . To je důvod, proč existuje morální nejasnosti --- tento typ technologie umožňuje lidem, aby v podstatě " hrát na Boha . "