Game Boy Advance má jiný slot pro cartridge a používá jiný procesor než původní Game Boy. I když existuje několik výjimek (jako je barva Game Boy, která je kompatibilní s Game Boy Advance), hry Game Boy nejsou kompatibilní s Game Boy Advance.
Hry Game Boy a Game Boy Color však můžete hrát na Game Boy Advance SP pomocí Game Boy Player příslušenství pro Nintendo GameCube.